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Le malattie fungine sono tra le più pericolose per le orchidee perchè sono quelle che provocano il marciume del colletto e della foglia, con conseguente morte della pianta se non debitamente curata. Talvolta è difficile riconoscere il disturbo: si può pensare che il marciume sia provocato da un'eccessiva innaffiatura o da un ambiente non sufficientemente esposto alla luce solare. Per evitare questo tipo di malattie dunque è importante riuscire a stabilire il giusto equilibrio tra i diversi elementi dei quali la pianta necessita, ovvero acqua, illuminazione, ventilazione ed umidità. In caso di infezione, sarà poi necessario eliminare le piante colpite, per evitare che essa possa diffondersi anche alle altre parti della pianta portandola alla morte. A seconda della gravità della situazione si può poi valutare l'utilizzo di prodotti specifici, anche se possono rivelarsi aggressivi per una pianta tanto delicata. Allo stesso modo, meglio utilizzare con cautela i prodotti preventivi, che possono rischiare di indebolirla.
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La causa di malattia più difficile da riconoscere per le orchidee è quella di origine virale, poichè i sintomi (macchie e cambi di colore delle foglie) sono molto simili a quelli che denotano errori nella coltivazione. Se si ha il sospetto che la pianta possa presentare un disturbo virale, la prima cosa da fare è separarla tenendola a debita distanza dagli altri esemplari, che altrimenti ne verrebbero parimenti contagiati. Per avere conferma della diagnosi occorre affidarsi ad un laboratorio di fitopatologia, che tramite esami specifici potrà determinare l'origine e l'entità del disturbo segnalando gli interventi più appropriati per intervenire. Solitamente, si ricorre a tali esami solo per piante di un certo valore; in caso di dubbio, comunque, è possibile provvedere all'utilizzo di specifici prodotti antivirali, che possono risultare aggressivi per la pianta ma permettono di liberarla dall'attacco virale. Va ricordato che per tutto il periodo in cui è in corso l'infezione è importante che la pianta non si trovi a stretto contatto con altri esemplari, poiché l'infezione virale è quella che con più facilità si trasmette da una pianta all'altra. Per non peggiorare le condizioni di salute della pianta è fondamentale utilizzare, se l'uso è necessario, strumenti debitamente sterilizzati e non utilizzarli con altre piante, oppure sterilizzarle nuovamente prima di tale passaggio, per evitare che diventino veicolo d'infezione.
Un po' più rare, ma comunque diffuse, sono le malattie di origine batterica, che si presentano tramite macchie sulle foglie che si estendono gradualmente fino a raggiungere il fusto. Le malattie batteriche sono difficili da controllare e la lotta avviene prevalentemente per via preventiva. Le malattie parassitarie sono, al contrario, tra le più semplici da identificare: sulle parti aree dell'orchidea si presenteranno infatti delle macchie di diverso colore e dimensione a seconda del tipo di organismo infestante. Se l'infestazione è molto localizzata, è possibile intervenire sfruttando un batuffolo di cotone imbevuto nell'alcol, che eliminerà i microrganismi presenti. Occorre invece intervenire con antiparassitari specifici se l'infestazione è più estesa, poiché l'unico modo per mettere al sicuro la pianta è quella di intervenire nel modo più tempestivo possibile e di farlo con prodotti in grado di eliminare completamente i parassiti, che in caso contrario in poco tempo riprenderebbero a proliferare e continuerebbero a danneggiare la pianta fino a portarla alla morte.
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