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Le malattie del limone potrebbero essere di natura differente e sarebbero in grado di colpire parti diverse della pianta. A seconda della parte colpita si potrebbero avere effetti come lo sviluppo anomalo dei frutti, la mancanza di fioriture o la morte della pianta. Le malattie che potrebbero colpire una pianta di limone potrebbero essere l'oidio, la cocciniglia, il marciume radicale, il mal secco, oltre a svariati attacchi da parte di virus e di batteri. L'oidio è una patologia che colpisce solitamente le foglie del limone e si manifesta quando il clima è caldo ed è presente un tasso di umidità elevato. L'oidio è causato da un fungo che provoca delle patine polverose sulla pagina superiore delle foglie, riducendo il processo di fotosintesi. Il rame potrebbe essere la soluzione al problema.
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La cocciniglia è un insetto che potrebbe attaccare le piante di limone in particolari condizioni di umidità e di assenza di arieggiamento, questo infatti potrebbe avvenire in caso la pianta venga coltivata in serra durante il periodo invernale. La cocciniglia rovina le piante attaccandosi alle foglie e nutrendosi della linfa. Se l'infestazione non fosse troppo estesa non ci dovrebbero essere problemi, per la pianta, comunque per evitare che la pianta soffra è possibile eliminare gli insetti spruzzando dell'olio bianco sulle foglie. L'olio creando una patina che ricopre le foglie è in grado di soffocare gli insetti. L'intervento con l'olio bianco è da evitare assolutamente durante i periodi più caldi, dal momento che non facendo traspirare le foglie potrebbe provare danni ingenti alle foglie.
Le malattie del limone possono manifestarsi spesso se le piante sono coltivate in serra, a causa della vicinanza degli alberi e della poca areazione dei locali. Gli afidi potrebbero creare danni se presenti in grandi quantità. Infatti come le cocciniglie, anche gli afidi sono in grado di succhiare la linfa, producendo allo stesso tempo la melata, una sostanza zuccherina che va a ricoprire le foglie. La melata se deposta in grandi quantità e su porzioni estese della pianta potrebbe provocare l'insorgenza della fumaggine. Questa infestazione fungina se si sviluppasse eccessivamente potrebbe provocare gravi danni ai processi di fotosintesi, causando la necrosi delle foglie e ingenti danni alla pianta. Il mal secco è una patologia di origine fungina che potrebbe provocare il disseccamento della pianta.
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